2/28にリリースされたZ1ES用の本体ソフトウェアアップデートをインストールしてみたところ、不具合があるようです。
具体的には、アップデート後のUSBデジタル出力をDAC（Meitner MA1 DAC）でアナログ変換した際のアナログ出力レベルが非常に小さく、プリアンプのボリュームをかなり大きくしないと音量が取れないというもの。アップデート前は9時の位置だったボリュームを1時くらいにしないと同じ音量になりません。
今回のアップデートでは32ビットのWAV形式ファイルを出力する際の動作を改善したようですが、そのことが16bitファイル再生に影響を及ぼしている模様。
ちなみにメディアサーバーとして使用する場合には問題なく使えたので、影響があるのはUSBデジタル出力だけだと思います。
アップデート後に再生しようとしたら音が出ないので、最初はアンプかDACが壊れたのではないかとかなり焦りましたが、OracleやOPPO 105JPでの再生は問題なくできたので（アンプもDACも壊れていない）、Z1ESが原因であることが判明。
ただしMA1 DAC自体はUSB信号を受け取っているので（入力インジケーターが点灯する）Z1ESからは何らかの信号が出ているようです。そこで、おかしいなと思ってボリュームを上げてみたところ、微かに音が聞こえ出したので、Z1ESが原因だと特定できました。
このままではどうしようもないため、スペシャルモード（スタンバイモードで、HOMEボタンを押しながら電源ボタンを押して起動）で以前のバージョンに戻したところ、正常に音が出るようになりました。やはり新しい本体ソフトウェアにバグがあるようです。
尤も、ソニーが接続保証をしているDACは自社の2製品だけなので、他社のDAC接続時の不具合に関しては対応してくれないかもしれません。なので当面は前回バージョンのソフトを使うことにして、しばらく様子を見守ろうと思います。
【追記】ソニーのサイトで、ダメもとで不具合報告を入れました。
Z1ESを他社製のDACにUSB接続されている方は同様の不具合が発生するかもしれませんので、ご注意の程。
